Zaman prasejarah

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Nusantara pada periode prasejarah

Fosil-fosil Homo erectus yang ditemukan di beberapa tapak di Jawa menunjukkan kemungkinan kontinuitas populasi mulai dari 1,7 juta tahun (Sangiran) hingga 50.000 tahun yang lalu (Ngandong). Rentang waktu yang panjang menunjukkan perubahan fitur yang berakibat pada dua subspesies berbeda (H. erectus paleojavanicus yang lebih tua daripada H. erectus soloensis). Swisher (1996) mengajukan tesis bahwa hingga 50.000 tahun yang lalu mereka telah hidup sezaman dengan manusia modern H. sapiens. ^[1]
Migrasi H. sapiens (manusia modern) masuk ke wilayah Nusantara diperkirakan terjadi pada rentang waktu antara 70 000 dan 60 000 tahun yang lalu. Masyarakat berfenotipe Austrolomelanesoid, yang kelak menjadi moyang beberapa suku pribumi di Semenanjung Malaya (Semang), Filipina (Negrito), Aborigin Australia, Papua, dan Melanesia, memasuki kawasan Paparan Sunda. Mereka kemudian bergerak ke timur. Gua Niah di Sarawak memiliki sisa kerangka tertua yang mewakili masyarakat ini (berumur sekitar 60 sampai 50 ribu tahun). Sisa-sisa tengkorak ditemukan pula di gua-gua daerah karst di Jawa (Pegunungan Sewu). Mereka adalah pendukung kultur Paleolitikum yang belum mengenal budidaya tanaman atau beternak dan hidup meramu (hunt and gathering).
Penemuan seri kerangka makhluk mirip manusia di Liang Bua, Pulau Flores, membuka kemungkinan adanya spesies hominid ketiga, yang saat ini dikenal sebagai H. floresiensis.
Selanjutnya kira-kira 2500 tahun sebelum Masehi, terjadi migrasi oleh penutur bahasa Austronesia dari Taiwan ke Filipina, kemudian ke selatan dan Indonesia, dan ke timur ke Pasifik. Mereka adalah nenek moyang suku-suku di wilayah Nusantara.
Orang Austronesia ini paham cara bertani, ilmu pelayaran bahkan astronomi. Mereka juga sudah memiliki sistem tata pemerintahan sederhana serta memiliki pemimpin (raja kecil). Kedatangan imigran dari India pada abad-abad akhir Sebelum Masehi memperkenalkan kepada mereka sistem tata pemerintahan yang lebih maju (kerajaan).