Istana Kepresidenan Yogyakarta terletak di ujung selatan jalan Akhmad Yani, Kelurahan Ngupasan, Kecamatan Gondomanan, Kotamadya Yogyakarta. Kompleks Istana yang berada pada ketinggian 120 meter dpl. ini dibangun di atas lahan seluas 43.585 M2. Terletak di pusat keramaian kota, jantung kota Yogyakarta, menghadap ke timur berseberangan dengan Museum Benteng Vredeburg, bekas benteng belanda.
Istana kepresidenan Yogyakarta dikenal juga dengan nama Gedung Agung atau Gedung Negara. Penamaan itu berkaitan dengan salah satu fungsi gedung utama istana, yaitu sebagai tempat penerimaan tamu-tamu agung. Istana ini merupakan salah satu istana dari keempat istana kepresidenan lainnya, yang memiliki peran amat penting dalam sejarah perjuangan kemerdekaan dan kehidupan bangsa Indonesia.
Secara umum, proses pengembangan bagian-bagian Istana Kepresidenan Yogyakarta tidak banyak berubah, baik dari gedung induknya: Gedung Agung, juga wisma -wismanya seperti Wisma Negara, Wisma Indraphrasta, Wisma Sawojajar, Wisma Bumiretawu, dan Wisma Saptapratala.
Selain keempat wisma tersebut, sejak 20 September 1995, kompleks Seni Sono seluas 5.600 meter persegi yang terletak di sebelah selatan, yang semula milik Departemen Penerangan, kini menjadi bagian dari Istana Kepresidenan Yogyakarta. Cukup lumayan dilakukan penataan ulang terhadap istana ini; contohnya Ruang Kesenian direnovasi, kursi-kursi dan lampu hiasnya diganti. Dari segi perabot / perlengkapan tampak kesesuaian antara fungsi kamar / ruang dengan perabotan / peralatan yang mengisinya, bahkan termasuk benda - benda seni bernilai tinggi yang ada di dalamnya.
Sejak didirikan dua abad yang lalu hingga kini, Gedung Induk kompleks Istana Kepresidenan Yogyakarta tidak pernah berubah; bentuknya sama seperti ketika selesai dibangun pada tahun 1869. Ruangan Induknya disebut Ruang Garuda dan berfungsi sebagai ruang resmi penyambutan tamu negara atau tamu agung yang lain. Di ruangan ini pulalah kabinet Republik Indonesia dilantik tatkala ibu kota negara pindah ke Yogyakarta. Pada dinding ruangan yang bersejarah ini tergantung gambar-gambar pahlawan nasional, di antaranya adalah gambar Pangeran Diponegoro, R.A. Kartini, Dokter Wahidin Soedirohusodo, dan Tengku Cik Di Tiro.
Di sisi selatan Gedung Induk terdapat Ruangan Tidur Presiden beserta keluarga, sedangkan di sisi utara terdapat kamar tidur yang disediakan bagi Wakil Presiden beserta keluarga, dan bagi tamu negara atau tamu agung yang lain beserta keluarga.
Di bagian depan kanan Gedung Induk terdapat ruangan yang diberi nama Ruang Soerdiman untuk mengenang perjuangan Panglima Besar Soedirman dalam memimpin gerilya melawan Belanda. Di ruangan inilah dulu Panglima Besar Soedirman mohon diri kepada Presiden Soekarno, untuk meninggalkan kota dalam rangka memimpin perang gerilya melawan Belanda. Di bagian kiri gedung utama terdapat ruangan yang diberi nama Ruang Diponegoro, untuk mengenang perjuangan Pangeran Diponegoro melawan Belanda. Dalam ruangan ini tampak pula lukisan / foto beliau sedang berkuda.
Dari Ruang Garuda ke arah belakang terdapat ruangan besar yang lain, yaitu Ruangan Jamuan Makan, tempat jamuan makan bagi tamu negara atau tamu agung yang lain. Di belakang ruangan jamuan makan terdapat ruangan luas, yang berfungsi sebagai Ruangan Pertunjukan Kesenian.
Masih tentang bangunan-bangunan yang ada di Istana Yoyakarta ini, bangunan lain adalah Wisma Negara; wisma ini dibangun pada tahun 1980. Wisma ini dimaksudkan untuk para menteri dan rombongan tamu negara. Bangunan ini bertingkat dua dan mempunyai 19 kamar. Setiap kamarnya dihiasi dengan lukisan serta benda seni lain yang sesuai dengan fungsi-fungsi kamarnya, terutama untuk beristirahat.
Selain Wisma Negara, terdapat Wisma Indraphrasta. Wisma ini merupakan wujud bangunan asli kantor Asisten Residen Belanda, penggagas bangunan yang kini menjadi istana ini. Di kiri dan kanan belakang bangunan utama, di dekat Ruang Kesenian, adalah Wisma Sawojajar dan Wisma Bumiretawu. Wisma Sawojajar,di sebelah utara, disediakan bagi petugas atau rombongan staf Presiden atau tamu negara, sedangkan Wisma Bumiretawu disediakan bagi ajudan serta dokter pribadi Presiden atau ajudan dan dokter pribadi tamu negara. Wisma Saptapratala terletak di sebelah selatan, berseberangan dengan Wisma Bumiretawu . Wisma ini disediakan bagi petugas-petugas dan para anggota rombongan presiden atau tamu negara.
Kompleks Seni Sono mulai dipugar tahun 1995 dan terdiri dari gedung auditorium, gedung tempat penyimpanan koleksi benda-benda seni, gedung pameran dan perkantoran. Auditorium ini semula adalah gedung Seni Sono yang dibangun pada tahun 1915 dan diperuntukkan sebagai tempat pertunjukkan kesenian terpilih yang berkaitan dengan acara kenegaraan. Gedung yang diperuntukkan sebagai tempat penyimpanan koleksi benda-benda seni semula adalah bangunan kuno yang dibangun Belanda pada tahun 1911 dan terakhir digunakan sebagai kantor PWI / Antara. Bangunan yang diperuntukkan gedung pameran dan perkantoran semula adalah bangunan Kantor Departemen Penerangan.
Biasanya, Pintu Gerbang Utama Kompleks Istana Yogyakarta "dijaga" oleh dua buah patung besar Dwarapala yang juga disebut Gupala, masing-masing setinggi dua meter. Kedua patung ini berasal dari salah satu tempat di sebelah selatan Candi Kalasan. Di halaman istana, di depan Gedung Induk, tampak sebuah monumen yang terbuat dari batu andesit setinggi 3.5 meter; namanya Dagoba, yang berasal dari Desa Cupuwatu, di dekat Candi Prambanan. Orang Yogyakarta menyebutnya Tugu Lilin karena Tampak seperti lilin yang senantiasa menyala, melambangkan kerukunan beragama, yaitu agama Hindu Ciwa dan agama Budha: agama Hindu Ciwa dilambangkan dengan Lingga, yang menopang stupa sebagai lambang agama Budha